Nexus7で実機デバッグする方法について、色々書いたページはありますが、一番サックリ要点がまとまっていたのはこちら。
■「開発者向けオプション」を表示する手順
1.設定→タブレット情報→ビルド番号をタップする
2.全部で7回タップします。「デベロッパーになるまであと○ステップです。」と表示
3.「これでデベロッパーになりました！」と表示されると、設定に開発者向けオプションが表示
■Nexus7でUSBデバッグする手順
1.設定メニューの「開発者向けオプション」に入る
2.右上のスイッチをONにする
3.USBデバッグにチェックを入れる
4.設定メニューに戻って、「セキュリティ設定」に入る
5.自作アプリをインストールする為に、提供元不明アプリのインストールを許可する
■MTPを無効にする手順
1.設定→ストレージをタップ
2.USBでパソコンに接続をタップ
3.カメラ(PTP)チェック
ただ、Nexus7のドライバをインストールするのに、Nexus7 Toolkit V2.0.0を利用する方法が書かれていますが、ADT（Android Developer Tools）をインストールしていればもっと簡単にインストールできます。
それについてわかりやすいのはこちら。
kakakikikekeのブログ: 【Windows】Nexus7のUSBドライバをインストールする方法
SDK Managerを起動し、Extrasの中のGoogle USB Driverをインストールします。というか、わたしの場合もうインストールしていました。
それからデバイスマネージャーからドライバを指定するなり、Nexus7を接続した時に表示されるダイアログから指定するなりすればOKです。