javascriptの圧縮・最小化にはいつも/packer/を使っています。そんなに年中やる作業ではないので、webツールで誤魔化しています。でも非常に優秀です。
ただ、圧縮・最小化すると、ほぼ必ずと言っていい程エラーになります。
大抵の場合はセミコロン抜けが原因です。
var func = function() {
//hoge
};
みたいな時に最後のセミコロンをよく忘れますよね。改行があれば動いてしまいますから。
で、それは分かっているのですが、一旦圧縮・最小化するとデバッグが面倒です。Google Chromeのデベロッパーツールなどでは、構文エラーが出ても行番号しか教えてくれないので、一行になった状態では全然使えません。
その点、IE9でF12を押すと出てくる開発者ツールは、場所まで教えてくれるので結構助かります。
また、The Online Lintというjavascriptの構文チェッカーも重宝しています。これは本来は開発環境にインストールして使うものですが、たまにしか使わないならweb版でも十分です。